仲鎢酸銨生產廢水的處理是實現資源回收和水資源可持續發展的必要的工序。據悉，中和沉澱法是目前鎢冶煉的主要的處理廢水的方法。然而，經該法處理後的廢水含有高濃度的Cl-，會造成二次污染。
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也有研究人員提出用反滲透工藝處理仲鎢酸銨車間廢水。但是，對於高濃度的含鹽廢水，採用反滲透工藝存在回收率低、操作壓力高、處理後的廢水含有高濃度無機鹽等問題，會造成二次污染，破壞水系統的生態環境。此外，還有研究人員提出採用蒸發結晶工藝處理仲鎢酸銨生產廢水。採用該工藝處理後的廢水可直接用於仲鎢酸銨車間，溶解後的硫酸鎂溶液流經硫酸鎂配置工段調節後回用，不僅達到零排放要求，環境效益突出，也取得了一定的經濟效益、社會效益。
